Ebru sanatının nerede ve ne zaman başladığı kesin olarak bilinmemektedir. Ancak 13. yüzyılda Türkistan’da, Semerkant'ta ve 14. yüzyılda İran’ın doğusundaki Herat Yöresinde yapıldığına dair bazı kaynaklar bulunmaktadır. Ebru da aynen kağıt gibi ipek Yolu ve diğer ticaret yollarını kullanarak doğudan batıya yayılmıştır.

Tarihi tesbit edilmiş en eski ebru 1447 yılına ait olup, Topkapı Sarayı’nda bulunmaktadır. Osmanlı döneminde birçok ebruzen yetişmiştir. Bu dönemde ebrulu kağıtlar devlet belgeleri ve resmi yazışmalarda zemin olarak kullanılmıştır. Buradaki başlıca amaç estetik değerlerin yanı sıra tahrifat girişimini engellemektir ki; bugün çek, senet ve kağıt paralar üzerindeki karmaşık desenlerin mantığı buna dayanmaktadır.